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HEX 亚磷酰胺，6-异构体 (HEX phosphoramidite, 6-isomer)

用于寡核苷酸合成的 HEX 亚磷酰胺，纯 6-异构体。 HEX（六氯荧光素）是一种荧光素衍生物，在黄色光谱范围内发射（最大吸收波长为 533 nm，最大发射波长为 549 nm）。 HEX 亚磷酰胺用于合成荧光标记引物和杂交探针，例如用于 qPCR 的 TaqMan、Molecular Beacon 和 Scorpion。 HEX 能被非荧光 DusQ1 暗猝灭剂有效猝灭，因为它们的光谱显着重叠（可与孔径为 500 Å 的 DusQ1 CPG 500 固体支持物配合使用）。许多基于毛细管凝胶电泳的自动测序仪都有 HEX 检测通道。因此，这种亚磷酰胺常用于合成用于片段分析的 5' 标记寡核苷酸，特别适用于微卫星分析-当使用荧光标记的正向引物和非标记的反向引物扩增微卫星位点时。 用法 偶联：3 分钟。 脱保护：标准条件下使用25%氨水；脱保护时间取决于寡核苷酸组成和核碱基保护基团（在 55 °С 下脱保护 17 小时可去除标准核碱基上的所有保护基团）。用AMA（浓氨水/40% 甲胺水溶液 1:1 v/v）可形成约 5% 的非荧光副产物。为了避免副产物的形成，开始用氢氧化铵脱保护（室温下 30 分钟），然后添加等体积的 40% 甲胺水溶液，继续用AMA 按要求脱保护（例如 65 °C 下 10 分钟）。